Ｄ−１０００（オープニングステージボス）
空中に浮かんでいるエネルギー供給体へのゼットセイバーでの攻撃が有効。そうするとでかい方が落下し、勝手に自滅してくれる。このゲームに慣れていなくても倒すことは容易い、練習用ボスといえるだろう。余裕があれば遊んでみるのもいい。実は結構多彩なアクションを見せてくれるのだ。まだオープニングステージの話である。
ハイマックス（バージョン１）
攻撃回避は簡単だが、この時点ではこちらの攻撃を一切受け付けない。つまりダメージを与えることが出来ない。負けてもゲームオーバーにもならない。Ｄ−１０００を倒したあとにちょっとだけ対戦することになる、言わばデモボスである。ヴァヴァを思い出すな……。とは言え、後に登場する時は本当に強いため、この試みは失敗していると言っていいだろう。某社のデモ版とはひと味違った、ある意味期待を裏切るキャラクターではある。
ゼロナイトメア
アナザーボス。名前からしてナイトメアの一種と思われるが、他のナイトメアの命名法に沿えば『ナイトメア・ゼロ』となるはずなのに、何故かこいつだけが『ゼロナイトメア』と呼称される。ゼロには『オモチャ』呼ばわりされるが、実力は本物と比べても遜色ない。バスターのみで相手することはきついので、特効のあるゼットセイバーでの攻撃が有効。ワープして出現した先に斬り付ければ行動を封じることも出来るが、たまにそのまま逃げずに攻撃してくることもある。特殊武器は効果が薄いが、マグマブレードとガードシェルは有効。耐久力はそれほどでもない。
さて、ここまではエックスのみで相手する必要のあるボスたち。ここからの攻略はゼロも交えて語っていく。
コマンダー・ヤンマーク
羽音のうるさい飛行型ボス。ロックマンＸ史上でも、かなり与し易い部類に入るであろう。なにせ適当に攻撃するだけで勝てるのだから。数種類の攻撃方法を持っているが、そのダメージはいずれも低い。耐久力もたいしたことはなく戦いはすぐに済む。そのくらい手ごたえのないボスキャラクターである。
＜エックス＞
チャージショットを連発すればどうということはない。たまにヤンマーオプションが襲ってくるが、たいしたダメージではないのでよほど傷付いていない限りは負けないだろう。注意する点もせいぜい本体に接触しないように気をつけるくらいしかない。
＜ゼロ＞
届く範囲であれば、ゼットバスターを連射すればいい。空中に浮かんだら、ゼットセイバーで斬り付ければいい。エックスよりも早くすぐにかたがつくだろう。弱点武器である裂光覇を使う必要は、全く、ない。使うとしたらまあ趣味の領域に入るだろう。
レイニー・タートロイド
その大きさに圧倒されるボス。背中の甲羅しか見せない、ある意味画期的な存在（やられる時とアイスバーストで攻撃した場合は正面を見せてくれる）。どこに隠しているのかすごい数のミサイルを撃ってくる。亀らしく手足と頭を引っ込めることもする。ただ甲羅の縁に刃がつくのが物騒ではあるが。ミサイルと体当たりだけが印象強いが、追い込むとちゃんとメテオレインも撃ってくる。見た目通り頑丈であり耐久力の高さが目立つ。
＜エックス＞
まずは甲羅の六角体を砕かなければ始まらない。それにはゼットセイバーの方が効果的。砕いたらあればアイスバースト、なければそのままチャージショット。甲羅の六角体はすぐに復元するので攻撃を集中させたい。アイスバーストがなければ長期戦を覚悟すること。ダメージに対してはちょっと臆病くらいで丁度いい。
＜ゼロ＞
弱点武器の氷狼牙は天井が高すぎて使用不能というがっくりくるオチがつくが、単にそのままゼットセイバーで攻撃して問題はない。甲羅の六角体を破壊したら、すぐにゼットバスター連射。これの繰り返し２〜３回で決着がつくだろう。
シールドナー・シェルダン
ユーモラスな外見とは裏腹の中身を持つボス。攻撃のチャンスはシールドスローでシェルが外れている時と、ガードシェルを展開している時が狙い目。動きを読み、チャンスを逃さなければ勝機は充分ある。耐久力はそこそこ。
＜エックス＞
攻撃のチャンスは少ないので、待ちに徹したい。跳ね回っている時は画面隅にいれば安全。ガードシェル展開時は間合いを充分取ってチャージショット。四方に散った場合は待ち。弱点武器のメタルアンカーがあれば格段に楽になる。あるなら攻めに徹しよう。
＜ゼロ＞
シールドスローの時にシェルの下をダッシュでくぐって一気に接近、ゼットバスターを連射しよう。これだけでかなり削ることが出来る。ガードシェルを展開したら、落鋼刃があるなら上から攻撃、なければ回避を重視。早期決着が望ましい。
ブリザード・ヴォルファング
８大ボスとしては史上初めて出た四肢で疾走するボス。かつて犬と戦ったことがあったが、過去の話である。機動力は確かに高いが、その場から動かず氷弾を撃ってくることの方が多い。ここら辺は確率に左右される。氷弾を撃ってくれている時が攻撃のチャンスだが、走り出したら少々厄介。追い詰めると氷柱をばらまきながら縦横無尽に動く。耐久力はまあ並み。
＜エックス＞
間抜けにも地上に止まっている時がチャンス。チャージショットを上手く当てるように。このチャンスは何回でも巡ってくるので、動き回っている時は回避に専念してもいい。弱点武器のマグマブレードは止まっている状態もキャンセルするが、畳み掛ければ問題はない。早くかたを付けたいならマグマブレードがいい。
＜ゼロ＞
地上で止まって氷弾を撃ってきた時が最大の攻撃のチャンス。ゼットバスターを連射しよう。止まっている間にライフエネルギーのほとんどを奪うことが可能。動いてもいつかは止まるので、焦る必要もない。弱点武器の翔炎斬はせっかくの止まっている状態をリセットしてしまうのでお薦め出来ない。
ブレイズ・ヒートニックス
熱く燃えるボス（文字通り）。特殊な地形で戦うことになり、地形を活かした攻撃を仕掛けてくる。こちらの攻撃範囲外に逃げることが多い上、畳み掛けが出来ない。耐久力もまあまああるので、下手をするとかなりの傷を負ってしまうだろう。パターンを読みづらい敵ではある。
＜エックス＞
チャージショットで地道に相手していこう。時間は余裕があるくらいなので焦ることはない。あるなら弱点武器であるグランドダッシュを使っていこう。相手の攻撃は出来るだけ回避したい。ゴッドバードは勘で避けるように。見てからでは間に合わない。
＜ゼロ＞
弱点武器は旋墜斬なのだが、実際的には円水斬の方が効果的。こいつには畳み掛けが通じないため、長期戦になることもある。やられないためには当たり前だがちゃんと攻撃を避けること。その意味でも円水斬は効果的。ゼットバスターは今回効果が薄い。
インフィニティー・ミジニオン
その素材はなんなのか疑問なボス。とにかく激しく攻めてくるやつであり、動きの遅いルシファラーゼと速いアローレイが意図しない時間差攻撃となって襲ってくる。迂闊に攻撃すれば分身を残して吹っ飛んでしまい、しかもその分身は本体同様ルシファラーゼを多数吐き散らし、生半可な攻撃では消えてくれないという質の悪さ。ついでに本体と見かけが変わらないので、パッと見ではどれが本体か分からなくなるという撹乱作用も持つ。攻撃動作中は吹っ飛ぶことはないのだが、それを見切って攻撃するのにはちょっと無理がある。見た目に反して耐久力も結構あり、今作の８大ボスの中では屈指の嫌らしさ。
＜エックス＞
弱点武器であるガードシェルは使い勝手が悪い。ノーマルでは盾としてしか使えないし、チャージしてもミジニオンが攻撃範囲内に来てくれないこともある。なにより大量のルシファラーゼと分身を消せない。とは言え他に手段はないので、ガードシェルで立ち向かうのが最善には違いない。ノーマルショットと併用してなんとかしよう。こいつだけはバスターのみで立ち向かうことは無理がある。後回しにした方が賢明と言えよう。どうしても無理なら回復もやむを得ない。
＜ゼロ＞
ゼットバスターは非効率的だし、弱点武器であるガードシェルは使えないことこの上ない。いっそ使わないようにした方が気が楽だろう。お薦め武器は翔炎斬。攻撃範囲が広く、ルシファラーゼを一気に消すことが出来、ミジニオン本体もなぜか吹き飛びにくい。円水斬もあれば理想。待ちに入っても近づいてきてくれないことがあるので、障害物があってもダメージ覚悟で突撃した方がいい。
メタルシャーク・プレイヤー
その顔が印象強いエキセントリックな造形のボス。手にしているメタルアンカーは投げても投げてもなくなることはない。こいつも地形効果を利用しており、ゴミをまき散らす（当然当たるとダメージ）、地面に潜るなどの行動を見せる。散発的な攻撃が多いが、稀に本体とメタルアンカーが同時にこっちに向かってくることもある。追い詰めると過去の作品に出た８大ボスの亡霊を召還する。耐久力はまあまあ。どうでもいいがこいつは略して呼ぶ時どう呼べはいいのか。メタルシャーク？ プレイヤー？
＜エックス＞
壁に掴まっていれば安全、というわけにはいかない。出来るだけ大きく動いて体当たりを回避したいところ。攻撃はチャージショットで充分だと思うが、弱点武器であるメテオレインも有効。追い詰めると召還する亡霊は難易度『やさしい／ふつう』がマグネ・ヒャクレッガー、難易度『むずかしい』がエクスプローズ・ホーネック。両者の違いは攻撃がホーミングするかの違いである。しかしメタルシャーク・プレイヤー本体が空中から動かないので攻撃のチャンスでもある。一気に勝負をかけよう。
＜ゼロ＞
ゼットバスターを当てることは難しいので、普通の敵を相手にするようにヒットアンドアウェイで攻めていくべき。弱点武器である円水斬も効果的。相手の動きをしっかり見ておけばいらんダメージを受けることもないだろう。追い詰めると召還する亡霊はスティング・カメレーオ。難易度による変化はない。ここまで追い詰めればあと一歩なので、強攻してもいいだろう。
グランド・スカラビッチ
モチーフはあんまりと言えばあんまりなボス。なんでよりによって……まあいいけどね別に！ 転がしてくる岩は破壊も出来るが飛び越えた方が楽。ロープもあるしそれは苦労しない。攻撃を加えるとすぐ逃げるため、否応無しにヒットアンドアウェイの戦いを強いられる。しかしその耐久力は低いので長期戦になることはないだろう。時間は多少かかるが割と与し易くはある。
＜エックス＞
岩を飛び越えて攻撃、という基本に徹することになる。バスターのみで十分対処可能。弱点武器はヤンマーオプションだが、ショットで攻撃すると飛び上がって逃げてしまうため、回転するオプション本体を当てるようにした方がいい。近づくことも難しくないし、攻撃が避けられないといった危険も特にない。
＜ゼロ＞
上で述べたこと以外に特に記述することはないが、岩を飛び越えたらゼットセイバーやヤンマーオプションよりもゼットバスターで攻撃した方がいい。相手は通り過ぎていってしまうので、距離を考慮に入れるとこれが効率的だろう。あるならヤンマーオプションを使ってもいい。まあヤンマーオプションの武器エネルギーが勿体ない、という発想をする人はそんなにいないだろうが。しかし出来ればこいつは倒したくないものである。何故ならこいつを倒してしまうと、旋墜斬というすっごく邪魔くさい技を修得してしまう羽目になるからだ。この技は『余計』『要らん』の二言で斬って捨てることのできる技。多少条件は厳しいが、ハイマックスを倒すかどうにかしてナイトメアソウルを３０００集めるかして、こいつを無視して秘密研究所に行きたいものである。
ハイマックス（バージョン２）
アナザーボス。オープニングステージに出たのと同じハイマックスとは思えないほど強化されている。厄介なのは掌から撃ち出されるクロスショット。間合いを充分とっておきたい。こちらに突進してきた場合はしゃがむかダッシュで下をくぐり抜けられる。耐久力が高い上、与えられるダメージが小さいので長期戦は免れ得ない。
＜エックス＞
チャージショットを当てると動きが止まるので、その間に特殊武器を当てればダメージを与えられる。ただしヤンマーオプション、アイスバースト、ガードシェルは無効。お薦めはチャージ版ガードシェル。ハイマックスは図体が大きいので弾を当てるのは容易い。中央でデスボールを乱射するようになったらもうチャージショットを当てる必要はない。そのままチャージ版ガードシェルで押し切ろう。
＜ゼロ＞
特殊武器を当てると動きが止まるので、その間に斬り付ければダメージを与えられる。ただしヤンマーオプション、氷狼牙、ガードシェルは効かない。しかしガードシェルはクロスショットを防御することが出来る。他の武器とも併用出来るので、使っておいて損はないだろう。攻撃の際のお薦めは円水斬。ハイマックスに直接ダメージを与えやすい。その際、当たり前だが近づく必要がある。円水斬を当てた時、ハイマックスの墜落に巻き込まれないように。中央でデスボールを乱射するようになったら削り合いになる。とにかく円水斬。
ダイナモ
秘密研究所へ行けるようにならないと出現しない、ストーリーにも関係しない真のアナザーボス。前作『５』にも出て来たが、今作でもバージョンアップが施されている。回避しづらい攻撃が特徴。耐久力もある。
＜エックス＞
メテオレインが有効。当てたあとさらにノーマルショットを当てるとナイトメアソウルを落とす。その際仕切り直しの形になるので同じことを繰り返せば倒すことは意外と簡単。そうでない場合は苦戦するだろう。ノーマル特殊武器無しで挑むには荷が重い。
＜ゼロ＞
ゼットセイバーならブレード防御を無視して斬ることが出来るので、残りライフゲージの量にもよるが、ヒットアンドアウェイでなんとか出来るだろう。しかし円水斬があれば楽に片付きしかもナイトメアソウルＧｅｔの特典まで受けることが出来る。やり方は簡単で、近寄って円水斬を連発するだけ。これだけでごっそりライフゲージを奪い、ナイトメアソウルも手に入る。円水斬さえあれば、こちらも被害を被るだろうが、まず負けない。
ナイトメア・マザー
二身一体の変わりダネ。ライフエネルギーゲージは他のボスと同じく一本だが、実際には二体のボスがいるようなもの。目玉が分厚いキューブの中から動き出した時しかダメージを与えられない。苦戦は避けられないだろう。十分にパワーアップし、ライフサブタンクやリミットパーツのライフリカバーを揃えておきたい。耐久力も高く、半端な力では返り討ちが関の山である。
＜エックス＞
ステージの都合上、シャドーアーマーでの戦いを余儀無くされるので、戦法は単純になる。突撃をやり過ごし、目玉を剥いたら斬り付ける、といったことを繰り返すことになる。ただそうそう都合よく目玉がいい位置に来てくれるとは限らないので、こればまずいな、と思ったらわざとやられて仕切り直す、という選択肢も用意しておくといい。ギガアタックはガンガン使っていこう。
＜ゼロ＞
ゼットバスターは使えない。キューブの奥にいる時は普通に斬り付け、ある程度出て来たら落鋼刃を当てにいくこと。基本はこれだけだが、上空で止まったりするのが続いたり、負けパターンにはまったな、と思ったら素直にやられて仕切り直した方がいいだろう。くれぐれも変なところで回復したりしないように。
ハイマックス（バージョン３）
今回はセルフイメージの危機のようだが正直何の関係もない。今度は突進をくぐり抜けることは出来ない。しかし手数が減っているため、パターンを見切ってしまえば与し易くはある。とは言え手強い敵であることに変わりはない。
＜エックス＞
秘密研究所は前後半に分かれている。前半だけを見るとシャドーアーマーで来たくなるが、後半を考えるとブレードアーマーで来た方がいい。このハイマックス戦も中継点に過ぎないので、消耗は避けたいところだが……。取るべき戦法は、ハイマックスが防壁を外したとき撃つ、とそれだけ。だがこれがなかなか上手くいかない。まずチャージ版ガードシェルを展開、防壁を外すのは音で分かるので、察知したらチャージを始め、当てて動きを止めてガードシェルショット。粘り強くいきたい。
＜ゼロ＞
円水斬が有効。ここまで来て円水斬を修得していない、などということはまずないだろう。やり方は簡単で、ちょっとジャンプして円水斬を出すこと。『ちょっと』の度合いは身体で覚えるように。今回のハイマックスはシールドを張るかデスボールを撃ち出すかの二択しかしてこない。どちらも発動までに時間がかかるため、その間に畳み掛けることが出来る。墜落に巻き込まれないように注意。
ゲイト
今作の諸悪の根源。戦闘形態を取り戦いを挑んでくる。完璧な防御能力を誇り、全ての攻撃を受け付けない。ゲイト自身の生み出したナイトメア・ホールを破壊した時に生じる散弾を当ててはじめてダメージを与えることが出来るという厄介な敵。警告しておくが、ハイマックスを倒したあとゲームオーバーになってステージセレクトからセーブしても、ハイマックス戦からやり直しになってしまう。ゆめゆめセーブしとこう、などと考えないように。
＜エックス＞
ハイマックス戦とここに来るまでのナイトメア・レインで消耗しているはずだ。ボスの部屋の前に出てくる雑魚敵を倒し回復を試みて、万全を期して臨みたい。ナイトメア・ホールを壊すためのお薦めはヤンマーオプション、マグマブレード。動き回っていれば、そう簡単にはやられない。
＜ゼロ＞
ゼロははしっこく動き回ることが出来るので、足場から足場へ移動しゲイトを避けることは簡単だ。ゲイトが動き出すのを見てから行動しても遅くない。ナイトメア・ホールの破壊だが、ゼットセイバーで普通に行って問題ない。特殊武器も必要に応じて使っていい。ただし距離が近すぎると生じる散弾まで斬ってしまうのである程度距離を保とう。実際は理想的な場面など滅多にないだろうから、あまり無理しないように。しかしナイトメア・ウィルスを生み出す紫のナイトメア・ホールだけはきっちり破壊しておく必要がある。またナイトメア・ストライクで足場が破壊されたとき、足場が再生する時にゼロと重なってしまうとミスになってしまう。注意されたし。
シグマ（第１形態）
今作では黒幕でも諸悪の根源でもなく、悪魔と呼ばれただのイレギュラーに成り下がった。一応レプリロイドでありウィルスなのだがいつの間にやらもう既に怨霊と言っていい存在である。今までのシグマと比べるとあまりぱっとしない。動きは鈍いし攻撃もたいしたことはないし、とただの中ボス程度の存在である。耐久力も並み。
＜エックス＞
弱点武器はメタルアンカーだが、ヤンマーオプションの連射も効果的。攻撃が散発的なので、渡り合うのも楽だろう。
＜ゼロ＞
ゼットバスターを撃ちまくれ。たまに吹っ飛んだり、口から弾を吐いてくることがあるが、それだけで充分に戦える。
シグマ（第２形態）
ラスボスだが威厳にやや欠ける。弱点が開いた口であることと、口から雑魚を吐いてきてその雑魚を倒すと回復アイテムが手に入ることがある、というのが主な理由。雑魚の落とす回復アイテムのお陰で展開によっては無補給でシグマを倒すことが出来る。これも史上初……だろう、多分。流石に攻撃を受けるとかなり痛い。身体がでかいせいか、耐久力は非常に高い。
＜エックス＞
弱点武器はグランドダッシュ。雑魚に手こずらされるだろうが、放っておいても消滅する。それよりシグマの口が開いた時を逃さないようにグランドダッシュを当てていこう。
＜ゼロ＞
雑魚の相手をしつつ、本体の口が開いたら即斬り付けるように。雑魚があまりに鬱陶しかったら裂光覇で一掃。口を開いたチャンスを逃さないようにダメージ覚悟で突撃する方がいい。ちなみにゼットセイバーのみ有効、特殊武器は一切無効。
おまけ資料−−−ナイトメア一覧表
ゼロナイトメア
ナイトメア・アイアン
ナイトメア・アイス
ナイトメア・イルミナ
ナイトメア・インセクト
ナイトメア・ウィルス
ナイトメア・ウインド
ナイトメア・エネミー
ナイトメア・キューブ
ナイトメア・ストライク
ナイトメア・スネーク
ナイトメア・ダーク
ナイトメア・バグ
ナイトメア・ファイア
ナイトメア・フリーズ
ナイトメア・プレス
ナイトメア・プレッシャー
ナイトメア・ホール
ナイトメア・マグマ
ナイトメア・マザー
ナイトメア・ミラー
ナイトメア・ムーブ
ナイトメア・ランダム
ナイトメア・レイン
ナイトメア・レーザー
（５０音順）